Událost

Next Generation Sequencing pro každou laboratoř

duben 2022
Sekvenování se za poslední rok stalo tématem pro mnoho laboratoří,  a to především kvůli možnostem sekvenovat genom viru SARS-CoV-2.

Next Generation Sequencing (NGS) je však již pár let tématem pro mnohé další obory. Diagnostika jednotlivých onemocnění se neustále vyvíjí. Vývojem tak prochází i metody sekvenování. NGS jako metoda masivně paralelního sekvenování se postupně stává důležitou součástí portfolia laboratoří v nejrůznějších oblastech klinické diagnostiky.

NGS pro oblast patologie a onkologie

Portfolio pro patology a onkology nabízí vše od malých, jednoduchých CE IVD certifikovaných kitů pro sekvenování klinicky významných variant, přes veliké panely, až po nádorové exomy, včetně tumor mutation burden a mikrosatelitních instabilit. Rovněž máme široké portfolio fúzních panelů jak pro solidní tumory, tak i pro hematoonkologické malignity.

Klasická genetika

NGS má ale své využití také v oblasti hereditární/klasické genetiky, kde lze využít malé jednogenové panely jako je CFTR, přes větší cancer risk panely (karcinom prsu a ovárií), kardiologické, dermatologické, metabolické, nefrologické, neurologické, carrier a další větší panely, až po celý lidský exom, včetně CG cytogenetického exomu, a celý lidský genom.

Důležitost bioinformatické analýzy

Během pracovního postupu v laboratoři je spojení NGS knihoven připravených z několika jednotlivých vzorků následováno masivním paralelním sekvenováním, které generuje miliony až miliardy sekvenčních čtení, čímž se vytváří velké množství dat pro výpočetní zpracování a bioinformatickou analýzu.

Abychom v BioVendoru podpořili diagnostické pracovní postupy našich zákazníků, poskytujeme komplexní řešení skládající se ze zjednodušeného protokolu laboratorního pracovního postupu v kombinaci se snadno použitelnou intuitivní bioinformatickou analýzou.

Nutnost správné analýzy a zpracování dat ukázala i současná situace kolem pandemie COVID-19. BioVendor Group zaváděl v průběhu letošního roku v mnoha mikrobiologických laboratořích sekvenování genomu SARS-CoV-2 včetně online aplikace pro analýzu dat, která je přímo napojena na světové databáze NextClade a GISAID.

Pokud se neudělá důsledná kontrola kvality vzorků, mohou být následně analyzovaná data nepřesná a mohou tvořit umělé linie neexistujících mutací viru, v tomto konkrétním případě SARS-CoV-2. Je tedy velmi důležité pohlídat celý proces, abychom byli schopni popsat skutečnou situaci šíření viru ve společnosti,” upozorňuje jeden z tvůrců cloudové aplikace covid.biovendor.cz, Petr Brož, CEO společnosti Bioxsys. Ta se zabývá především vývojem softwarů pro genetické analýzy a s BioVendor Group dlouhodobě spolupracuje. 

 Společnost Bioxsys vyvinula cloudovou aplikaci pro přesnou analýzu mutačních variant viru.

Online aplikace pro analýzu vzorků u pacientů pozicitních na COVID-19

Systém aplikace pro analýzu dat ze sekvenátorů pomáhá analyzovat sekvenované vzorky a přináší tak přehledně informace o přítomnosti a šíření jednotlivých mutací v populaci. Výsledky navíc ukládá do veřejných světových databází (NextClade a GiSAID). Řešení je unikátní v tom, že pokrývá celý proces sekvenace i následné analýzy a interpretace výsledků, včetně důležité kontroly kvality dat.

Díky spojení expertů na bioinformatiku z firmy Bioxsys a aplikačních laboratorních specialistů z firmy BioVendor byli schopni rychle nabídnout i začínajícím a nezkušeným laboratořím kompletní řešení pro sekvenování genomu viru.

Spolu s unikátně navrženou chemií jsme vytvořili software pro analýzu dat ze sekvenátorů, díky kterým mohou laboratoře sekvenovat, tedy číst kompletní genom viru a získat tak cenné informace o změnách viru i jeho šíření. Obohacení sekvenačních dat o epidemiologické informace a jejich dlouhodobé ukládání je klíčem k tvorbě statistických analýz, které pomohou v boji s epidemií. Cílem aplikace je analýzu dat ze sekvenování laboratořím co nejvíce usnadnit a zautomatizovat, zároveň také zajistit, že se do databází nedostanou data s nízkou kvalitou a nezkreslí tak statistiky výskytu a šíření jednotlivých Variant viru.

V České republice se sekvenováním v současné chvíli zabývá kromě zaběhlých institucí jako je Akademie věd, CEITEC, Státní zdravotní ústav a Fakultní nemocnice čím dál větší množství diagnostických laboratoří a vědeckých pracovišť, i proto je nezbytné kvalitu dat standardizovat, aby mohla být ukládána do světových databází, které mutace viru SARS-CoV-2 sledují,” upozorňuje bioinformatik Petr Brož z Bioxsys.

Spolupráci s Bioxsys rozvíjí BioVendor Group i v dalších oblastech sekvenování. V BioVendor Group umíme vyřešit analýzu NGS dat od QC metrik, mapování na referenční genomy, funkční anotaci, de novo assembly, variant callingu, až po napojení na laboratorní informační systémy.

Analýza mikrobiomu

Složení a rozmanitost lidského střevního mikrobiomu souvisí s širokou škálou fenotypů v oblasti zdraví a nemocí. Cílené sekvenování variabilních oblastí v genu 16S rRNA poskytuje rychlý a snadný způsob hodnocení bakteriálního složení v lidském střevě. Test ViennaLab 16S Microbiome NGS Assay ve spojení se softwarem ViennaLab Microbiome Analysis Webtool nabízí výkonné komplexní řešení kombinující přípravu knihovny s bioinformatickou analýzou. Statistiky rozmanitosti, informativní souhrnné tabulky a grafický výstup jsou generovány s cílem usnadnit rychlý přehled a komplexní vyhodnocení složení bakterií v analyzovaných vzorcích. Zobrazí totiž nejen složení mikrobiomu pacienta, ale výsledek vztažený k normálním hodnotám a umožní tak lépe rozpoznat případné výkyvy od zdravého mikrobiomu.

 Sekvenováním mikrobiomu získává lékař rychlý přehled o bakteriálním složení pacientova střeva.

Většina panelů BioVendor Group je kompatibilní jak se sekvenátory Illumina, tak i s MGI a Thermo.

Samozřejmostí je aplikační, technická a bioinformatická podpora a možnost vše si vyzkoušet ve vaší laboratoři, případně na seminářích a workshopech pořádaných ve školících prostorách BioVendor Group v Brně.

V rámci vlastní NGS laboratoře se BioVendor Group vrhá i na pole sportovní genetiky, zároveň společnost poskytuje laboratořím pomoc se zpracováním urgentních vzorků v případě výpadku systému.

Dotazy a podpora:


Mgr. Jitka Novotná, PhD.
+420 702 247 191
novotna@biovendor.cz

Další aktuality

Událost CLIA workshop ve slovenském duchu

CLIA workshop ve slovenském duchu

20. června 2024

Ke konci června jsme na Karásku uspořádali workshop zaměřený na řešení CLIA. Zúčastnilo se ho 6 klientů z různých koutů Slovenska, od Žiliny, Piešťan až po Prešov. 

Čtěte dále
Událost Workshop Aesku na Karásku

Workshop Aesku na Karásku

11. - 12. černa 2024

Stejně jako minulý rok, jsme i letos přivítali na Karásku laboratorní pracovníky, kteří se specializují na přípravu a vyhodnocení metody nepřímé imunofluorescence. 

Čtěte dále
Událost Spolupráce s univerzitami na industriálních PhD pracích

Spolupráce s univerzitami na industriálních PhD pracích

červen 2024

Program BioVendor Academy zastřešuje spolupráci s českými vysokými školami, což umožňuje studentům propojit jejich disertační, diplomové nebo bakalářské práce s praktickým výzkumem a vývojem v BioVendor Group. 

Čtěte dále
Událost Teambuilding aneb mrkněte, co všechno jsme zažili

Teambuilding aneb mrkněte, co všechno jsme zažili

6. června 2024

Krásné datum 6.6. propojilo kolegy z českých a slovenských divizí naší firmy, aby se již po čtvrté setkali na půdě areálu Šneksport. 

Čtěte dále
Událost Představení novinek na LABOREXPO & PROCESEXPO

Představení novinek na LABOREXPO & PROCESEXPO

5. - 6. června 2024

Veletrh je již za námi. Byly to dva dny plné inovací, objevů a inspirativních setkání! Pojďte se spolu s námi podívat, jak to celé probíhalo. Děkujeme všem, kteří se zúčastnili a udělali z této akce nezapomenutelný zážitek.

Čtěte dále
Událost  Historie a genetika se setkaly na ESHG 2024 v Berlíně

Historie a genetika se setkaly na ESHG 2024 v Berlíně

1. - 2. června 2024

V Berlíně se uskutečnil 57. ročník ESHG, kde byly prezentovány nejnovější výzkumy genomu, technologické inovace a diskutovány etické otázky. Hlavními řečníky byli Svante Pääbo a další nositelé Nobelovy ceny.

Čtěte dále
Událost Workshop o Alzheimerově nemoci opět u nás na Karásku

Workshop o Alzheimerově nemoci opět u nás na Karásku

23. května 2024

Podruhé jsme s nadšením přivítali partnery projektu ADDIT-CE* na workshopu zaměřeném na inovace v diagnostice a léčbě Alzheimerovy nemoci.

Čtěte dále
Událost Jsme hrdí signatáři projektu STEM

Jsme hrdí signatáři projektu STEM

květen 2024

Kraj, město, univerzity a hi-tech firmy budou spolupracovat na popularizaci technického vzdělávání v Jihomoravském kraji. Ambicí společného úsilí je získání většího počtu expertů a expertek v oblasti, která odborníky dlouhodobě potřebuje a poptává.

Čtěte dále