Událost

Next Generation Sequencing pro každou laboratoř

duben 2022
Sekvenování se za poslední rok stalo tématem pro mnoho laboratoří,  a to především kvůli možnostem sekvenovat genom viru SARS-CoV-2.

Next Generation Sequencing (NGS) je však již pár let tématem pro mnohé další obory. Diagnostika jednotlivých onemocnění se neustále vyvíjí. Vývojem tak prochází i metody sekvenování. NGS jako metoda masivně paralelního sekvenování se postupně stává důležitou součástí portfolia laboratoří v nejrůznějších oblastech klinické diagnostiky.

NGS pro oblast patologie a onkologie

Portfolio pro patology a onkology nabízí vše od malých, jednoduchých CE IVD certifikovaných kitů pro sekvenování klinicky významných variant, přes veliké panely, až po nádorové exomy, včetně tumor mutation burden a mikrosatelitních instabilit. Rovněž máme široké portfolio fúzních panelů jak pro solidní tumory, tak i pro hematoonkologické malignity.

Klasická genetika

NGS má ale své využití také v oblasti hereditární/klasické genetiky, kde lze využít malé jednogenové panely jako je CFTR, přes větší cancer risk panely (karcinom prsu a ovárií), kardiologické, dermatologické, metabolické, nefrologické, neurologické, carrier a další větší panely, až po celý lidský exom, včetně CG cytogenetického exomu, a celý lidský genom.

Důležitost bioinformatické analýzy

Během pracovního postupu v laboratoři je spojení NGS knihoven připravených z několika jednotlivých vzorků následováno masivním paralelním sekvenováním, které generuje miliony až miliardy sekvenčních čtení, čímž se vytváří velké množství dat pro výpočetní zpracování a bioinformatickou analýzu.

Abychom v BioVendoru podpořili diagnostické pracovní postupy našich zákazníků, poskytujeme komplexní řešení skládající se ze zjednodušeného protokolu laboratorního pracovního postupu v kombinaci se snadno použitelnou intuitivní bioinformatickou analýzou.

Nutnost správné analýzy a zpracování dat ukázala i současná situace kolem pandemie COVID-19. BioVendor Group zaváděl v průběhu letošního roku v mnoha mikrobiologických laboratořích sekvenování genomu SARS-CoV-2 včetně online aplikace pro analýzu dat, která je přímo napojena na světové databáze NextClade a GISAID.

Pokud se neudělá důsledná kontrola kvality vzorků, mohou být následně analyzovaná data nepřesná a mohou tvořit umělé linie neexistujících mutací viru, v tomto konkrétním případě SARS-CoV-2. Je tedy velmi důležité pohlídat celý proces, abychom byli schopni popsat skutečnou situaci šíření viru ve společnosti,” upozorňuje jeden z tvůrců cloudové aplikace covid.biovendor.cz, Petr Brož, CEO společnosti Bioxsys. Ta se zabývá především vývojem softwarů pro genetické analýzy a s BioVendor Group dlouhodobě spolupracuje. 

 Společnost Bioxsys vyvinula cloudovou aplikaci pro přesnou analýzu mutačních variant viru.

Online aplikace pro analýzu vzorků u pacientů pozicitních na COVID-19

Systém aplikace pro analýzu dat ze sekvenátorů pomáhá analyzovat sekvenované vzorky a přináší tak přehledně informace o přítomnosti a šíření jednotlivých mutací v populaci. Výsledky navíc ukládá do veřejných světových databází (NextClade a GiSAID). Řešení je unikátní v tom, že pokrývá celý proces sekvenace i následné analýzy a interpretace výsledků, včetně důležité kontroly kvality dat.

Díky spojení expertů na bioinformatiku z firmy Bioxsys a aplikačních laboratorních specialistů z firmy BioVendor byli schopni rychle nabídnout i začínajícím a nezkušeným laboratořím kompletní řešení pro sekvenování genomu viru.

Spolu s unikátně navrženou chemií jsme vytvořili software pro analýzu dat ze sekvenátorů, díky kterým mohou laboratoře sekvenovat, tedy číst kompletní genom viru a získat tak cenné informace o změnách viru i jeho šíření. Obohacení sekvenačních dat o epidemiologické informace a jejich dlouhodobé ukládání je klíčem k tvorbě statistických analýz, které pomohou v boji s epidemií. Cílem aplikace je analýzu dat ze sekvenování laboratořím co nejvíce usnadnit a zautomatizovat, zároveň také zajistit, že se do databází nedostanou data s nízkou kvalitou a nezkreslí tak statistiky výskytu a šíření jednotlivých Variant viru.

V České republice se sekvenováním v současné chvíli zabývá kromě zaběhlých institucí jako je Akademie věd, CEITEC, Státní zdravotní ústav a Fakultní nemocnice čím dál větší množství diagnostických laboratoří a vědeckých pracovišť, i proto je nezbytné kvalitu dat standardizovat, aby mohla být ukládána do světových databází, které mutace viru SARS-CoV-2 sledují,” upozorňuje bioinformatik Petr Brož z Bioxsys.

Spolupráci s Bioxsys rozvíjí BioVendor Group i v dalších oblastech sekvenování. V BioVendor Group umíme vyřešit analýzu NGS dat od QC metrik, mapování na referenční genomy, funkční anotaci, de novo assembly, variant callingu, až po napojení na laboratorní informační systémy.

Analýza mikrobiomu

Složení a rozmanitost lidského střevního mikrobiomu souvisí s širokou škálou fenotypů v oblasti zdraví a nemocí. Cílené sekvenování variabilních oblastí v genu 16S rRNA poskytuje rychlý a snadný způsob hodnocení bakteriálního složení v lidském střevě. Test ViennaLab 16S Microbiome NGS Assay ve spojení se softwarem ViennaLab Microbiome Analysis Webtool nabízí výkonné komplexní řešení kombinující přípravu knihovny s bioinformatickou analýzou. Statistiky rozmanitosti, informativní souhrnné tabulky a grafický výstup jsou generovány s cílem usnadnit rychlý přehled a komplexní vyhodnocení složení bakterií v analyzovaných vzorcích. Zobrazí totiž nejen složení mikrobiomu pacienta, ale výsledek vztažený k normálním hodnotám a umožní tak lépe rozpoznat případné výkyvy od zdravého mikrobiomu.

 Sekvenováním mikrobiomu získává lékař rychlý přehled o bakteriálním složení pacientova střeva.

Většina panelů BioVendor Group je kompatibilní jak se sekvenátory Illumina, tak i s MGI a Thermo.

Samozřejmostí je aplikační, technická a bioinformatická podpora a možnost vše si vyzkoušet ve vaší laboratoři, případně na seminářích a workshopech pořádaných ve školících prostorách BioVendor Group v Brně.

V rámci vlastní NGS laboratoře se BioVendor Group vrhá i na pole sportovní genetiky, zároveň společnost poskytuje laboratořím pomoc se zpracováním urgentních vzorků v případě výpadku systému.

Dotazy a podpora:


Mgr. Jitka Novotná, PhD.
+420 702 247 191
novotna@biovendor.cz

Další aktuality

Událost Medlab Middle East 2024

Medlab Middle East 2024

5. 2. - 8. 2. 2023
Připojte se k nám na výstavě Medlab během druhého únorového týdne, kde tým BioVendor Group na stánku Z5.E29 představí nejnovější inovace v oblasti imunodiagnostiky a molekulární diagnostiky.
Čtěte dále
Událost Velvet Innovation Conference 2023: Co nás čeká v blízké a daleké budoucnosti?

Velvet Innovation Conference 2023: Co nás čeká v blízké a daleké budoucnosti?

15. 11. 2023
I letos jsme se zúčastnili Velvet Innovation Conference 2023, dnes již tradiční události našeho regionu pořádané Jihomoravským inovačním centrem, jehož jsme dlouhodobě hrdým partnerem.
Čtěte dále
Událost Medica 2023: Čtyřdenní maraton nezapomenutelných setkání

Medica 2023: Čtyřdenní maraton nezapomenutelných setkání

13. 11. 2023 - 16. 11. 2023
Po roce jsme se opět sešli v Düsseldorfu pod vlajkou BioVendor Group, aby jsme se zúčastnili jedné z největších událostí v oblasti laboratorní medicíny. Letošní ročník Medica 2023 byl výjimečný zejména díky silnému zájmu zahraničních návštěvníků.
Čtěte dále
Událost Uspořádali jsme odborný seminář na téma zpracování a analýzy dat NGS

Uspořádali jsme odborný seminář na téma zpracování a analýzy dat NGS

7. 11. 2023
Zatímco se tyto dny všichni intenzivně soustředíme na veletrh Medica, v Brně se dějí také zajímavé věci! Uspořádali jsme odborný seminář na téma zpracování a analýza dat NGS.
Čtěte dále
Událost Účast divize Life Science na nadcházejících konferencích

Účast divize Life Science na nadcházejících konferencích

listopad 2023
V listopadu je divize Life Science čilá a plánuje účast na řadě významných konferencí. V tomto článku vám představíme, které jsme pro tento měsíc vybrali a kterých se chystáme aktivně zúčastnit.
Čtěte dále
Událost EHRA Zpráva o bariérách ve vstupu do adiktologických zařízení pro uprchlíky z Ukrajiny

EHRA Zpráva o bariérách ve vstupu do adiktologických zařízení pro uprchlíky z Ukrajiny

Spolupráce divize molekulární biologie BioVendor LM se spol. Sananim pomáhá na různých úrovních adiktologické péče.
Čtěte dále
Událost BioVendor WS, tentokrát na téma kontrol kvality

BioVendor WS, tentokrát na téma kontrol kvality

září 2023
Odborný workshop na téma externí a interní kontroly kvality navázal na obnovenou tradici seminářů pro odborníky ze všech oborů a koutů diagnostiky. Tentokrát jsme zvolily téma, které provází každou laboratoř a v kterém my, díky výhradnímu zastoupení společnosti Randox v ČR, můžeme poskytnout řešení.
Čtěte dále
Událost  XVI. celostátní sjezd klinické biochemie

XVI. celostátní sjezd klinické biochemie

17. 9. 2023 - 19. 9. 2023
Hradec Králové, město bohaté historie a kultury, nedávno přivítalo stovky odborníků a příznivců klinické biochemie.
Čtěte dále